Gestion des données de Biodiversité

Faisant suite à l’initiative ECOSCOPE portée par la Fondation pour la recherche sur la Biodiversité, le Pôle National de Données de Biodiversité (PNDB) est une e-infrastructure de recherche (IR) du Système Terre-Environnement du Ministère de l'Enseignement Supérieur, de la Recherche (MESR) créée en 2018 et portée par le Muséum National d’Histoire Naturelle. Le PNDB contribue à la politique de Science ouverte du MESR et est depuis 2022 centre de référence thématique (Recherche Data Gouv).

Le PNDB a pour objectif de mettre à disposition un ensemble cohérent d’outils et de services pour la description, l’accès, la validation, l’analyse et la réutilisation des données de biodiversité, pour les communautés de recherche dans le but de prendre en compte la biodiversité sur le temps long (depuis les origines de la vie), à toutes les échelles biologiques (de la molécule à l’anthropo-écosystème), et dans toutes ses interactions.

Il propose un certain nombre de produits et services autour de 3 axes liés aux données et métadonnées :

1. comprendre, le PNDB développe un site web qui sera une entrée ludique et didactique pour comprendre le monde des données et métadonnées de biodiversité.
2. partager les données, le PNDB développe actuellement une application interactive pour extraire et générer, avec le plus d’inférence/automatisation/suggestion possible, les métadonnées, c’est-à-dire les informations décrivant le contexte des données, et ce dans le format pivot international qui est EML et dont nous parlions à l’instant.
3. utiliser , il y a le catalogue de données PNDB donnant accès aux données de biodiversité référencées.

Enfin, il propose un service de plateforme d’analyse en ligne, Galaxy-Ecology qui permet de produire ou d’utiliser directement des workflows analytiques pour générer par exemple des indicateurs de suivi et d’état de la biodiversité en capitalisant notamment sur le concept de variables essentielles de biodiversité.